¿Y para qué? o_O
No deberían sonar igual, porque cuando tocas no atacas el resonante. Tampoco la resonancia de ambos a la vez creo que sea igual.
¿Y con la caja como haces? jejeje porque hacer sonar la bordonera sola... :P
Prueba pero un determinado sonido lo consigues con la unión en la afinación de ambos parches, si los separas ya no podrás conseguir ese sonido obtendrás otro, ya nos dirás!
Recuerdo hace ya unos pocos de años, en un clinic de Ángel Crespo, que explicaba la manera de afinar por notas los parches. Decía algo así como que si los afinabas en la misma nota, el sonido final era otra nota diferente, pero vamos, no lo recuerdo bien.
Seguro que hay algún libro, o videos en youtube, que lo explican.