No hay problema, no deberían sobresalir más de lo que el estuche permite.
Los estuches duros suelen dejar algo de espacio para eso y los estuches blando o suaves pues más de lo mismo.
He probado un sin fin de estuches y siempre suelen dejar algún margen obviamente para que puedas manipular el tambor al meterlo y sacarlo, así que no te preocupes, que lo normal es que si tienes un bombo de X medida y compras un estuche de ESA medida, tiene que poder entrar bien, nunca queda ajustado.
No compres jamás un estuche más grande que el tambor o bombo porque quedara muy vacío y bailará mucho, a menos que quieras meter algo adicional dentro, como la alfombra de la batería, o goma espuma de sobra para el bombo por si necesitas apagarlo un poco.
