Exactamente es debido a la afinacion. Ese eco como tu lo llamas es lo que se llama "sustain", y para reducirlo tienes varias opciones: afinar hasta que se quede a tu gusto (puede que tardes, pero suele ser la mejor opcion), usar parches de doble capa o con apagadores (como los Evans EC2, por ejemplo), o usar apagadores (Moongel, sordinas, etc.)
Sin embargo los apagadores te los recomendaria como ultima opcion, pues aunque es una forma rapida de quitar mucho sustain y dejar un sonido mas seco, siempre me ha parecido que matan el sonido de la bateria, pero tambien es verdad que es cuestion de gustos.
La solución más rápida y vaga es la de poner cinta aislante en los parches, aunque la calidad del sonido queda un poco dudosa.
Lo mejor esque te curres la afinación y busques un sonido más apropiado a lo que buscas, y si sigues con problemas, como te han dicho más arriba, adquiere otros parches más secos.
Mmm ok,.,,,, hay que afinar los dos parches??? cual de primeras.. el de arriba o abajo'
Si hay que afinar los dos parches, en este foro creo que hay muchos topics relacionados a este tema... Busca en el buscador de como afinar... vas aencontrar bastante
Saludos
Apretando el parche resonante reducirás el sustain. Suerte!!