Bueno, yo tengo una 13*5,5 y la afino igual que cualquier otra caja. Cuando me pasa eso, lo mejor es empezar de cero nuevamente: destenso los dos parches y la vuelvo a afinar por completo.
Es laborioso a veces. La última vez que cambié los parches (hará un par de meses) tuve que hacer esa operación unas 5 veces con el tom base, y eso que el aéreo y el bombo los afiné a la primera.
También es posible que el parche que llevas no saque el sonido que deseas. Por ejemplo, no quieres muchos harmónico y llevas un Remo Ambassador.Entonces sería mejor un Remo Empereor o un Evans G2.
Hay varios post de afinación y parches que te explican como afinar correctamente. Léelos con atención pues son muy útiles.