Primero de todo, no son armónicos, son resonancias: los parches de toms y bombo, o incluso los amplis de guitarra y bajo, emiten vibración que 'simpatiza' con uno o los dos parches de la caja (se dice que entran en resonancia)
Para eliminarlos, hay que afinar todos los aprches de la batería de forma que no entren en resonancia. Te llevará así como uno o dos años conseguirlo, y para entonces habrás cambiado de batería y de nuevo a afinar...
Quiero decir que se pueden reducir con remedios caseros, pero hay por aquí muchos posts que te dicen cómo afinar bien, cómo evitar resonancias, o incluso cómo considerarlos aprte del instrumento y que tocando no se notan...