Hola. Por partes.
Para disparar EZDrummer en Cubase necesitas conectar el Roland vía MIDI. Desconozco la N12, pero veo que tiene entrada MIDI. Supongo que todo lo que entre por ahí podrá llevarse al DAW en una o varias pistas MIDI (pero ojo, igual no es así y solo permite que señales MIDI controlen la N12).
Un tema importante es la latencia. Si SOLO vas a grabar, no debería ser un gram problema, pero si quieres disparar el VST y oír los sonidos del EZ(p.e. En directo), entonces si que puedes tener problema en función del interface. La calidad del interface es fundamental, pero la de proceso del DAW y el propio ordenador lo son todavía más.
Yo utilizo una Lexicón Omega para grabar pistas analógicas, y además el MIDI. No va mal, pero es mejorable. También tengo un interfaz MIDI-USB Edirol, con mejore prestaciones (lógico, solo se dedica a esto, no a maestrear señales a 48 bits) que he utilizado alguna vez en directo. Pero soy un fan de Yamaha, y seguro que esta mesa maneja la situación divinamente.
Un tema importante es el mapa MIDI, para que el VST reconozca las señales que le llegan vía MIDI y disparé el sonido correcto. No recuerdo el EZ, pero estoy seguro que tiene configuraciones por defecto para una TD-12. Si no fuera así igual habría que trastear un poco en el VST o en el modulo, pero no es complicado.
Respecto de cambiar el modulo, si es por otro Roland no hay problema ninguno. Con otros puede haber alguna incompatibilidad (p.e. Yo tengo un2Box, y salvo el HH, el resto es totalmente compatible).