En mi opinión, algo custom, es aquello que tu puedes elegir alguna de sus caracteristicas, ya sea acabado, herrajes.... Algo signature, es algo que una marca ha creado siguiendo unas especificaciones dadas por un artista.
Siguiendo esto, si tu diseñas una caja, y un artesano la fabrica para ti, seria un producto custom, y si alguien quiere una caja exactamente igual a la tuya y el artesano se la hace, la podria vender como una signature tuya.
Un saludo.