Se puede hacer un banner de mil formas diferentes. Lo más sencillo es una imagen estática, con el diseño que se te ocurra y básicamente tirando de photoshop. Las medidas del banner pueden ser las que quieras, aunque hay unas cuantas que son estándar, como 120x60 o 468x60 píxeles.
Luego ya están los banners animados, que los puedes hacer en GIF por ejemplo mediante unos cuantos fotogramas con imágenes estáticas (otra vez se puede echar mano del photoshop). La otra opción podría ser currarte una pequeña animación en flash con el Macromedia Flash, o con algún programilla que hay especial para hacer cosas de este tipo de una manera más fácil que con el de Macromedia.
Luego, a la hora de ponerlo en una web, sólo tienes que insertar la imagen si es un jpg, gif... y enlazarla a la web que sea. Si es un .swf (animación flash) lo puedes crear para que se comporte como un botón, de manera que al pinchar en él te lleve a la página en cuestión. De esta forma sólo tienes que insertar el archivo .swf sin preocuparte de enlazarlo ni nada.