Hola: A ver si te puedo ayudar en algo.
Ese sonido que tu llamas chocante desaparece, claro, al ponerle un trapo, toalla o similar encima de la caja.
Prueba primero con un cachito de trapo sujeto en el parche con cinta o celo. Cortas un trapito de sabana mismo de 7 x7 cm por ejemplo, lo doblas y lo sujetas como te dije al parche. Eso hará desaparecer parte del sonido chocante que dices, sobre todo los molestisimos armonicos.
Si con eso no basta prueba con el trapo.
Otra solución buena es tocar con hot rods en el local, yo lo hago cuando tengo que tocar en locales pequeños y la caja suena mucho y van muy bien.
Espero haberte ayudado, un saludo.