Yo estoy casi seguro de que es un problema de configuración de la tarjeta de sonido... mira a ver de dónde coge el sonido para grabar, deberías tener activada solo la opción "micrófono", "captura" o "entrada de línea" según la tarjeta.
También puede ser que tengas bien configurada la tarjeta, pero tengas dos tarjetas de sonido (la de la placa y una externa, por ejemplo) y el cubase te esté seleccionando la que no debe...
¡¡Suerte!!