Si tu batería es nueva, en primer lugar tendrás que hacer la selección de la configuración de activadores (págs. 14 y 36 del manual de instrucciones de la batería). Piensa que la configuración por defecto del módulo es para una Dtxpress IV Special. Si tienes la Standard, como yo, con el TP65S, tendrás que escoger una configuración para la Standard. Hay la STD Easy, la STD Med y la STD Dyna. Como comentas que hay golpes que no te detecta, escoge la STD Easy, que además suena con más volumen (aunque suena todo de manera más uniforme, con poca variación de sonido entre golpes más fuertes y más suaves). Independientemente de ésto, si quieres dedicar tiempo, con el manual de instrucciones y toqueteando en el módulo puedes configurarlo completamente a tu gusto.
En cuanto a la diafonía, cuando se te dispara también el sonido del charles (al mismo tiempo que el sonido de la caja) al darle al pad de caja, o el de la caja al darle al charles, también tienes información de cómo solucionarlo en el manual de instrucciones (también hay posts en este foro con explicaciones que puedes encontrar mediante el buscador poniendo "diafonía"). Si no quieres toquear en el módulo para configurar, puedes probar lo que hace mucha gente, que lo soluciona simplemente sujetando el pad de charles en el mismo brazo que el módulo de sonido, en vez de tener los pads de caja y charles en el mismo brazo. Fíjate cómo lo tiene montado este chico, a ésto me refiero:
http://www.youtube.com/watch?v=7XiaSCqu4lg
Yo la verdad es que de momento no he probado mucha cosa, porque prefiero pasar tocando el poco tiempo que dedico a la batería en vez de pasarlo configurando el módulo de sonido. Aunque quizás pruebe lo de cambiar el pad de brazo.
