Hola, podría ser por la versión VST que vaya integrada con tu cubase, y la de los plugins. A veces ocurre que tratamos de usar por ejemplo plugins VST 2.0 en programas actuales que ya están basados en 2.3, o al menos hasta hace poco era así.
Si es Cubase SX, busca en él menú "información de plugin" y te saldrá una lista con todos los VST (y DX) que tienes instalados, así como su versión de protocolo VST. Si ves que tus plugins usan la 2.0, 2.1, ... , activa una casilla que dice algo así como "comportamiento como host antiguo", y Cubase cargará esos plugins teniendo en cuenta que se tratan de versiones anteriores a VST 2.3 y evitando problemas de compatibilidad que de otro modo podrían surgir.
Igual no es tu problema, ya que Cubase suele ser bastante guerrero en cuanto configuración de cada sistema, tipo de hardware, versión más o menos depurada del secuenciador, etc.
A ver si hay suerte, si no, prueba otras versiones de los plugins para ver si se trata de bugs propios de cada versión.