Con el agujero lo que consigues es que el aire comprimido a causa del golpe sea expulsado... con lo cual consigues que el sonido no se ahogue tanto y suene algo... puesto que sin agujero pues no sonaria... es como si le pusieras el dedo al parche y sonara un "TAP".
Mi recomendacion es que le hagas un agujero de tamaño medio... dependiendo de la profundidad del tom, el parche y sobre todo, las capas del susodicho tom.